После военной службы работал в газете «Волжский комсомолец». В 1987 году стал заведующим отделом комсомольской жизни газеты «Комсомольская правда». В 1990 году он стал редактором отдела информации издания.
В ноябре 1992 года ушёл из «КП» и одновременно выступил соучредителем товарищества журналистов «6-й этаж», в которое вошли журналисты, несогласные с новой редакционной политикой газеты. В следующем году товарищество стало учредителем «Новой ежедневной газеты», первый номер которой вышел 1 апреля 1993. Муратов вошёл в её редколлегию и стал заместителем главного редактора.
В декабре 1994 — январе 1995 годов являлся специальным корреспондентом газеты в зоне боевых действий на территории Чечни.
В феврале 1995 стал главным редактором издания, которое к тому моменту было переименовано из «Новой ежедневной газеты» в просто «Новую газету».
Какое-то время Муратов совмещал работу в газете и на телевидении. Так, в 1997 году он был ведущим программы «Пресс-клуб» (ATV — ОРТВ), в 1998—2000 — ведущим еженедельной программы «Суд идёт» на телеканале «НТВ».
В 2004 был одним из учредителей Комитета «2008: Свободный выбор». В 2005 году вышел из Комитета, заявив, что он «абсолютно разочарован тем, как пытались объединиться демократы».
В 2004 вступил в Российскую демократическую партию «Яблоко».
В 2005 году стал одним из совладельцев журнала «Крокодил»[4]. Однако уже в 2008 издание обновлённого журнала было приостановлено[5].
В 2009 году вошёл в Общественный совет в поддержку избирательного списка партии «Яблоко» на выборах в Московскую городскую думу V созыва.
В 2011 году вошёл в избирательный список Российской объединённой демократической партии «Яблоко» под 101 номером.
В марте 2014 года подписал обращение против политики российской власти в Крыму.
В сентябре 2020 года подписал письмо в поддержку протестных акций в Белоруссии.
А вчерась совместно с американо-филиппиской (написание вракипеди если что) журналисткой Марией Ресса получил Нобелевскую премию мира за «их усилия по защите свободы слова, которая является [шоneздeц] необходимым условием демократии и прочного мира»
В ноябре 1992 года ушёл из «КП» и одновременно выступил соучредителем товарищества журналистов «6-й этаж», в которое вошли журналисты, несогласные с новой редакционной политикой газеты. В следующем году товарищество стало учредителем «Новой ежедневной газеты», первый номер которой вышел 1 апреля 1993. Муратов вошёл в её редколлегию и стал заместителем главного редактора.
В декабре 1994 — январе 1995 годов являлся специальным корреспондентом газеты в зоне боевых действий на территории Чечни.
В феврале 1995 стал главным редактором издания, которое к тому моменту было переименовано из «Новой ежедневной газеты» в просто «Новую газету».
Какое-то время Муратов совмещал работу в газете и на телевидении. Так, в 1997 году он был ведущим программы «Пресс-клуб» (ATV — ОРТВ), в 1998—2000 — ведущим еженедельной программы «Суд идёт» на телеканале «НТВ».
В 2004 был одним из учредителей Комитета «2008: Свободный выбор». В 2005 году вышел из Комитета, заявив, что он «абсолютно разочарован тем, как пытались объединиться демократы».
В 2004 вступил в Российскую демократическую партию «Яблоко».
В 2005 году стал одним из совладельцев журнала «Крокодил»[4]. Однако уже в 2008 издание обновлённого журнала было приостановлено[5].
В 2009 году вошёл в Общественный совет в поддержку избирательного списка партии «Яблоко» на выборах в Московскую городскую думу V созыва.
В 2011 году вошёл в избирательный список Российской объединённой демократической партии «Яблоко» под 101 номером.
В марте 2014 года подписал обращение против политики российской власти в Крыму.
В сентябре 2020 года подписал письмо в поддержку протестных акций в Белоруссии.
А вчерась совместно с американо-филиппиской (написание вракипеди если что) журналисткой Марией Ресса получил Нобелевскую премию мира за «их усилия по защите свободы слова, которая является [шоneздeц] необходимым условием демократии и прочного мира»